分居三年后若双方均同意离婚，并且已经协商一致子女抚养、财产分割等事项，加上离婚冷静期，最快31天可完成离婚登记。如果有一方不同意，则需要走诉讼离婚的程序，可能耗时3-6个月，案件复杂或者对方拖延则可能花费更长的时间。具体详情如下。
协议离婚。如果另一方也同意离婚，并且能就所有问题协商好，这是最快的离婚方式。但是即使已经分居三年，双方办理离婚手续前也需要经过30天的离婚冷静期，无法跳过这个程序，整个流程顺利的话，可能需要一个多月即可完成。
主要流程为：一是双方就子女抚养、财产分割、债务处理等问题协商一致，签订书面离婚协议，协议的各项内容尽量全面明确，避免后续纠纷。二是准备相关材料，包括结婚证、身份证、离婚协议等，双方前往婚姻登记机关申请离婚登记。三是等待30天离婚冷静期，冷静期内任何一方反悔，即可前往婚姻登记机关撤回离婚申请。四是离婚冷静期到后，双方再次前往登记机关申请发放离婚证，审核无误后，领取离婚证，离婚完成。
诉讼离婚。如果一方不同意离婚，或者双方对离婚相关事项谈不拢，则需要走诉讼途径。但因为双方已经分居三年，准备好相关证据，法院通常会准予判决。
主要流程为：一是准备诉讼材料，包括民事诉讼状、感情不和分居满三年的证明、结婚证明等。二是向有管辖权的法院提交材料，提起诉讼。三是法院受理后，先组织双方进行调解，如果调解无效，法院核实分居事实等，认定夫妻感情已经破裂后，将会作出离婚判决。
法律法规
《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
